Una nueva chica llamada Haibara Ai es transferida a la clase 1-B. Con su actitud fría y distante, ignora las palabras de bienvenida de Ayumi y los demás, pero por alguna razón parece interesarse en Conan. Ese mismo día, la Liga Juvenil de Detectives recibe una petición de investigación, y deciden invitar a Haibara para que fuera con ellos. Durante la investigación, Conan descubre que hay una "mujer vestida de negro" involucrada en el caso...