El anuncio del robo de la joya llamada "Cherry Sapphire" pone a todos en alerta. Luego de una breve persecución, Conan se da cuenta de que el perpetrador no es otro que Lupin lll. Su regreso a Japón desencadena una serie de sospechosos eventos que nuestro detective deberá investigar con la ayuda de algunos peculiares aliados conocidos, antes de que el peligro pueda extenderse más allá de la tierra nipona.