Conan y compañía son invitados por Sonoko al viaje inaugural del crucero de lujo “Aphrodite”. Sin embargo, ¡ocurre un incidente donde Yashiro Entarō, el director del Grupo Yashiro y dueño del crucero, y su hija Takae son asesinados a bordo! Luego de una investigación, se encuentra una relación con un hundimiento de un buque que había sucedido hace 15 años...